[1]陈自郁,何中市,何静媛.预测RNA二级结构离散粒子群优化算法[J].深圳大学学报理工版,2009,26(3):272-277.
　CHEN Zi-yu,HE Zhong-shi,and HE Jing-yuan.Discrete particle swarm optimization for RNA secondary structure prediction[J].Journal of Shenzhen University Science and Engineering,2009,26(3):272-277.
点击复制

预测RNA二级结构离散粒子群优化算法()
分享到：

《深圳大学学报理工版》[ISSN:1000-2618/CN:44-1401/N]

卷:
第26卷
期数:
2009年3期
页码:
272-277
栏目:
光电与信息工程
出版日期:
2009-07-31

文章信息/Info

Title:
Discrete particle swarm optimization for RNA secondary structure prediction
文章编号:
1000-2618(2009)03-0272-06
作者:
陈自郁; 何中市; 何静媛
重庆大学计算机学院，重庆 400044
Author(s):
CHEN Zi-yu; HE Zhong-shi; and HE Jing-yuan
College of Computer Science，Chongqing University，Chongqing 400044，P．R．China
关键词:
离散粒子群优化; RNA二级结构; 最小自由能; 组合优化
Keywords:
discrete particle swarm optimization; RNA secondary structure; minimum free energy; combinatorial optimization
分类号:
TP 301.6
文献标志码:
A
摘要:
根据RNA二级结构预测问题实质和基本粒子群优化算法特性，提出一种离散粒子群优化算法模型．定义该模型中一个可变集合搜索空间，设计了基于此空间粒子群速度与位置更新公式及运算规则．采用局部精英粒子优化策略解决了粒子群算法易陷入局部最优的问题．实验结果表明，该算法在收敛速度和精度上都具有较好的性能．
Abstract:
With the RNA secondary structure prediction and the characteristics of particle swarm optimization，a new model of discrete particle swarm optimization is presented．In the model，searching space of variable set is defined．The operation rules and the update formulae of particle’s velocity and location are re-designed on the searching space．A local elitist particle strategy is introduced in order to avoid being trapped in local optima．The experimental results demonstrate the superiority of the proposed model over the other methods in terms of solution quality and convergence rates．

参考文献/References:

［1］Zuker M．关于寻找RNA分子中次优化折叠的研究［J］．科学，1989，244(4900)：48-52(英文版)．
［2］David H，Jeffret S，Michael Z等．扩大序列对热力学参数的依赖性有助于RNA二级结构的预测［J］．分子生物学报，1999，288(5)：911-940(英文版)．
［3］Bjarne Knudsen，Jotun Hein．运用上下文无关文法进行RNA二级结构预测的研究［J］．核酸研究，2003，31(13)：3423-3428(英文版)．
［4］Ding Y．RNA二级结构预测的统计贝叶撕方法［J］．RNA，2006，12(3)：323-331(英文版)．
［5］Hu Y J．GPRM：寻找RNA二级结构元素的一种遗传算法程序设计方法［J］．核酸研究，2003，31(7)：3446-3449(英文版)．
［6］刘海军．RNA二级结构预测建模及其应用研究［D］．上海：上海大学，2005．
［7］张秀苇，邓志东，宋丹丹．RNA二级结构预测的神经网络方法［J］，清华大学学报自然科学版，2006，46(10)：1793-1796．
［8］何静媛，何中市，陈自郁．RNA二级结构预测SVMs模型研究［J］．深圳大学学报理工版，2008，25(4)：403-408．
［9］Kennedy J，Eberhart R C．粒子群优化［C］//IEEE神经网络国际会议论文集，泊斯：IEEE出版社，1995：1942-1948(英文版)．
［10］Ali M M，Kaelo P．用于全局优化的改进粒子群算法［J］．应用数学计算，2008，196(2)：578-593(英文版)．
［11］Valle del，Venayagamoorthy Y，Mohagheghi G，等．粒子群优化：基本概念，变量及在动力系统的应用［J］．IEEE进化计算汇刊，2008，12(2)：171-195(英文版)．
［12］Neethling M，Engelbrecht A P．使用基于集合的粒子群优化算法决策RNA二级结构［C］//IEEE 2006年CEC国际会议论文集，纽约：IEEE出版社，2006(英文版)．


［1］Zuker M．On finding all suboptimal foldings of an RNA molecular［J］．Science，1989，244(4900)：48-52．
［2］David H M，Jeffret S，Michael Z，et al．Expand sequence dependence of thermodynamic parameters improves prediction of RNA secondary structure［J］．Journal of Molecular Biology，1999，288(5)：911-940．
［3］Bjarne Knudsen，Jotun Hein．RNA secondary structure prediction using stochastic context-free grammars［J］．Nucleic Acids Research，2003，31(13)：3423-3428．
［4］Ding Y．Statistical and Bayesian approaches to RNA secondary structure prediction［J］．RNA，2006，12(3)：323-331．
［5］Hu Y J．GPRM：a genetic programming approach to finding common RNA secondary structure elements［J］．Nucleic Acids Research，2003，31(7)：3446-3449．
［6］LIU Jun-hai．RNA secondary structure prediction modeling and application study［D］．Shanghai：Shanghai University，2005(in Chinese)．
［7］ZHANG Xiu-wei，DENG Zhi-dong，SONG Dan-dan．RNA secondary structure prediction using BP neural network［J］．Journal of Tsinghua University Natural Science and Teachnology，2006，46(10)：1793-1796(in Chinese)．
［8］HE Jing-yuan，HE Zhong-shi，CHEN Zi-yu．The research of RNA secondary structure prediction based on SVMs model［J］．Journal of Shenzhen University Science and Engineering，2008，25(4)：403-408(in Chinese)．
［9］Kennedy J，Eberhart R C．Particle swarm optimization［C］//Proc IEEE Int Conf Neural Networks，Perth：IEEE Press，1995：1942-1948．
［10］Ali M M，Kaelo P．Improved particle swarm algorithms for global optimization［J］．Applied Mathematics and Computation，2008，196(2)：578-593．
［11］Valle del，Venayagamoorthy Y，Mohagheghi G，et al．Particle swarm optimization：basic concepts，variants and applications in power systems［J］．IEEE Transaction on Evolutionary Computation，2008，12(2)：171-195．
［12］Neethling M，Engelbrecht A P．Determining RNA secondary structure using set-based particle swarm optimization［C］//IEEE Congress on Evolutionary Computation(CEC2006)，NY：IEEE Press，2006．

相似文献/References:

[1]何静媛,何中市,陈自郁.RNA二级结构预测SVMs模型研究[J].深圳大学学报理工版,2008,25(4):403.
　HE Jing-yuan,HE Zhong-shi,and CHEN Zi-yu.The research of RNA secondary structure prediction based on SVMs model[J].Journal of Shenzhen University Science and Engineering,2008,25(3):403.

备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2008-12-29；修回日期：2009-04-19
基金项目：国家863高技术研究发展计划资助项目（2007AA01Z423）；重庆市自然科学基金资助项目（2007BB2134）
作者简介：陈自郁（1976-），女（汉族），重庆市人，重庆大学讲师、博士研究生．E-mail：chenziyu@cqu.edu.cn
通讯作者：何中市（1965-），男（汉族），重庆大学教授、博士生导师．E-mail：zshe@cqu.edu.cn
更新日期/Last Update: 2009-08-26